测序质控软件trim_galore

trim_galore可以用来对原始的测序数据进行质控

安装 trim_galore需要提前安装两个依赖软件：Fastqc和 cutadapt

Fastqc的安装已经提及，这里不再详述

cutadapt的安装过程如下：

sudo apt install python3-pip # install pip3
python3 -m pip install --user --upgrade cutadapt  # install cutadapt
echo "export PATH=$PATH:$HOME/.local/bin" >> ~/.bashrc
source ~/.bashrc

trim_galore 安装

# Check that cutadapt is installed
cutadapt --version
# Check that FastQC is installed
fastqc -v
# Install Trim Galore
cd ~/software
curl -fsSL https://github.com/FelixKrueger/TrimGalore/archive/0.6.6.tar.gz -o trim_galore.tar.gz
tar xvzf trim_galore.tar.gz 
# soft link
sudo ln -s /home/ubuntu/software/trim_galore/trim_galore /usr/bin/trim_galore

使用示例：

cd ~/SingleCell
mkdir fastqc_trimmed_results
trim_galore --nextera -o fastqc_trimmed_results Share/ERR522959_1.fastq Share/ERR522959_2.fastq

参数说明：

--quality：设定Phred quality score阈值，默认为20。
--phred33：：选择-phred33或者-phred64，表示测序平台使用的Phred quality score。
--adapter：输入adapter序列。也可以不输入，Trim Galore会自动寻找可能性最高的平台对应的adapter。自动搜选的平台三个，也直接显式输入这三种平台，即--illumina、--nextera和--small_rna。一般使用fastqc软件能够判断出来，sanger/illumina 1.9为phred33，illumina 1.3/1.5为phred64。
--stringency：设定可以忍受的前后adapter重叠的碱基数，默认为1（非常苛刻）。可以适度放宽，因为后一个adapter几乎不可能被测序仪读到。
--length：设定输出reads长度阈值，小于设定值会被抛弃。
--paired：对于双端测序结果，一对reads中，如果有一个被剔除，那么另一个会被同样抛弃，而不管是否达到标准。
--retain_unpaired：对于双端测序结果，一对reads中，如果一个read达到标准，但是对应的另一个要被抛弃，达到标准的read会被单独保存为一个文件。
--gzip和--dont_gzip：清洗后的数据zip打包或者不打包。
--output_dir：输入目录。需要提前建立目录，否则运行会报错。
-- trim-n : 移除read一端的reads